In Underwater Cities, welches pro Spieler etwa 30-45 Minuten dauert, repräsentieren die Spieler die schlausten Individuen der Erde. Speziallisten, die aufgrund der Überbevölkerung der Erde ernannt wurden, um die bestmöglichen und lebenswertesten Unterwassergebiete zu schaffen.

Der Hauptmechanismus des Spiels ist die Platzierung von Karten. Drei farbige Karten werden entlang der Kante der Hauptplatine in 3 x 5 Steckplätze platziert, die ebenfalls farbig sind. Im Idealfall können Spieler Karten in Slots derselben Farbe platzieren. Dann können sie sowohl Aktionen als auch Vorteile nutzen: die im Steckplatz auf der Hauptplatine abgebildete Aktion und auch die Vorteile der Karte. Aktionen und Vorteile können es den Spielern ermöglichen, Rohstoffe aufzunehmen; Errichtung und Modernisierung von Kuppeln, Tunneln und Produktionsgebäuden wie Farmen, Entsalzungsgeräten und Labors in ihrem persönlichen Unterwasserbereich; ihren Marker auf der Initiativspur bewegen (was für die Spielerreihenfolge in der nächsten Runde wichtig ist); um die „A-Karten“ des Spielers zu aktivieren; und Karten zu sammeln, sowohl spezielle als auch grundlegende Karten, die während des Spiels bessere Entscheidungsmöglichkeiten bieten.

Alle knapp 220 Karten – egal ob Spezial- oder Basiskarten – sind nach Art und Nutzungszeit in vier Arten unterteilt. Unterwassergebiete sind doppelseitig geplant, so dass die Spieler viele Gelegenheiten haben, VPs zu erreichen und schließlich zu gewinnen.